The best replacement for namd is gromacs.

Лучшие альтернативы к namd можно упорядочить следующим образом:
★★★★★  gromacs
★★★  charmm
★★  lammps
★  desmond

Ваша альтернатива к namd не упомянута? Предложите!
Говоря о namd, пожалуй, не стоит забывать о vmd.

Другие запросы относящиеся к namd можно упорядочить так:
★★★★★ vmd
Вам известен компаньон к namd и он пока не упомянут тут? Предлагайте!



Google Trends

Scale is based on the average worldwide traffic of namd in all years. Click on graph for more.
namd
gromacs
charmm